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可能导致肾脏异常，英国《独立报》披露了转基因食品巨头孟山都公司的一份秘密报告。报告显示，给老鼠喂食转基因玉米后，导致其血液变化和肾脏异常。
由于我国最常见的转基因食品主要是转基因大豆油，由此也引发消费者对转基因大豆油安全性的担忧。但是对人体有没有这种危害，暂时还不明确。
植物内部重组危害，转基因植物是人为的将两种基因重组，为了保证其正常的生长所加入的特定基因以及重组所带来的潜在新威胁，使得转基因食品的内部变化极大，就如转基因植物之所以绝育，就是因为这个原因，所以它的威胁是极大的，也是最不可防的。
可能对人体产生过敏反应，全世界有近2%的成年人和4%—6%的儿童发生过食品过敏，而90%的过敏是由蛋、鱼、贝壳、奶、花生、大豆、坚果和小麦8种食物引起的。转基因大豆由于其引入外部基因所以可能对人体更容易产生过敏反应。世界上一些的事实也证实了转基因大豆存在一定过敏性。
可能会影响人体对抗生素产生抗性，转基因大豆中引入了外部基因，如果这些抗生素标记基因进入人体，则有可能转移到有害的致病菌中，从而使它们产生耐抗生素的能力，降低抗生素的临床有效性，也可能使人体对很多抗生素产生抗性。
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